Статья 9 Кодекса к полномочиям Российской Федерации в области земельных отношений относит разработку и реализацию федеральных программ использования и охраны земель, утверждение которых отнесено к компетенции Правительства РФ, а реализация возлагается на федеральные и региональные органы исполнительной власти. Разработка и реализация региональных программ использования и охраны земель, находящихся в границах субъектов Российской Федерации, отнесена Кодексом (ст.10) к полномочиям субъектов Российской Федерации. Согласно ст.11 Кодекса, местные программы использования и охраны земель разрабатываются и реализуются органами местного самоуправления.

Как уже было отмечено, в регулировании отношений, возникающих в связи с использованием и охраной земель водного фонда приоритетное значение имеют нормы Кодекса. Водному законодательству отводится роль, связанная с восполнением пробелов в земельном законодательстве, регулирующем указанные отношения. Дело в том, что водное законодательство Российской Федерации регулирует отношения в области использования и охраны водных объектов (водные отношения). Отношения по поводу земель, возникающие при использовании и охране водных объектов, регулируются водным законодательством в той мере, в какой это необходимо для рационального использования и охраны водных объектов. Отношения по поводу обособленных водных объектов (замкнутых водоемов) регулируются водным законодательством в той мере, в какой данные отношения не урегулированы гражданским и земельным законодательством.

Водное законодательство Российской Федерации состоит из ВК РФ и принимаемых в соответствии с ним федеральных законов и иных нормативных правовых актов Российской Федерации, а также законов и иных нормативных правовых актов субъектов Федерации.