Третий уровень – специальные методы криминалистики. По сферам применения они подразделяются на технико-криминалистические и структурно-криминалистические. Методы каждой из указанных групп по своему характеру делятся на собственные и заимствованные из других наук.

К технико-криминалистическим методам, заимствованным из других наук, относятся, например, большинство методов криминалистической фотографии, электролитические методы восстановления исчезнувших (или уничтоженных) знаков на металлических объектах. Собственно технико-криминалистические методы – это методы идентификации по материальным следам, выявление и фиксация слабовидимых или невидимых следов, методы установления характеристик выстрела по следам основного и дополнительного факторов выстрела и др.

К числу структурно-криминалистических методов, заимствованных из других наук, относятся, в частности, методы прикладной психологии, планирования и научной организации труда и т.д. Собственно криминалистические структурные методы – это, например, методы выдвижения криминалистических версий, методы идентификации по идеальным следам.